Hui ... ich habe einfach mal meine Anwendung so genommen wie sie war und alles auf SQLite umgestellt. Ergebnis: das Ganze läuft nun gefühlt 1 Million x schneller als mit SQL Server 2005 Mobile, und ist plötzlich richtig benutzbar! :-D
Jetzt muss ich nur noch schauen, ob ich der Datenbank irgendwie ein Passwort verpassen kann ...