Auch so ein Spaß: der IE checkt "checked" nicht ;-). Also weder per direkter Zuweisung an ein mittels createElement() erzeugtes Objekt, noch über setAttribute().
Lösung:
Das Objekt erzeugen, dem Dokument via appendChild() hinzufügen und dann die Eigenschaft setzen, die sich dann quasi auf das "echte Objekt" im Dokument bezieht:
var proportional = document.createElement('input');
proportional.setAttribute('type', 'checkbox');
//proportional.setAttribute('checked', 'true');
var liveProportional = tdright.appendChild(proportional);
liveProportional.checked = true;