Heute kam die Antwort auf meine Nachfrage zu diesem Thema aus Redmond:
Ursächlich ist die Art und Weise wie ASP.NET die Abhängigkeiten bei der Batch-Kompilierung auflöst. Es müsste diese Limitierung nicht geben, es gibt sie aber - das wurde einfach irgendwann einmal ganz pragmatisch so entschieden (interessante Erkenntnis, dass es selbst bei Software-Entwicklung in diesen Dimensionen solche Sch... drauf-Entscheidungen gibt) :-).
Workaround ist wie beschrieben die direkte Registrierung, oder aber man verwendet einen eigenen Ordner für globale Controls. Das dürfte am sinnvollsten sein.
