Wenn man, egal was man tut, auf einem frisch aufgesetzten Windows Server 2003 nur 404-Fehler beim Aufruf von ASP.NET-Seiten bekommt, sollte man zuerst freilich nachschauen, ob das Framework am IIS überhaupt richtig registriert ist, was z.B. nicht der Fall ist, wenn man den Server erst nach der Framework-Installation installiert (Stichwort aspnet_regiis -i).
Es gibt aber noch eine Stolperfalle: In den "Webdiensterweiterungen" muss ASP.NET ebenfalls freigeschalten sein, was es wohl nicht immer ist. Zumindest auf dem 64-Bit-W2k3-Standard, den ich hier gerade bearbeite, war das jedenfalls nicht der Fall.
Einfach aktivieren, dann klappt's auch wieder.