Normalerweise bietet es sich an, serverseitig ClientScript mittels Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(); hinzuzufügen. Das funktioniert aber dann nicht mehr, wenn man ein UpdatePanel im Einsatz hat - selbst das Script in ein Label zu schreiben gestaltet sich schwierig.
Aber das Ajax-Team hat hier mitgedacht, und die Funktionalität ebenfalls im ScriptManager implementiert. Wenn man also ASP.NET AJAX einsetzt, sollte man den Weg über ScriptManager.RegisterClientScriptBlock(); gehen, dann funktioniert es wieder :-).